Táto práca nemeckého vedca a matematika je založená v princípe na spisoch Johannesa Trithemia. Joaquín García Carmona a iní tiež v nej vidia vplyv Blaise de Vigenere (1523-1596), ktorého polyalfabetická šifra ako sa zdá, bola pretransformovaná Kircherom na číselnú šifru.

Zvláštny záujem v knihe Polygraphia vyvoláva jej prvá časť, kde Kircher navrhuje systém pasigrafie alebo univerzálneho písma, využívajúc číslice ako ekvivalenty pre slová podobného významu v latinčine, taliančine, francúzštine, nemčine a španielčine. Časti 2 a 3 sa venujú kryptografickým metódam, ktoré sa v súčasnosti už nepoužívajú. O dva roky neskôr jeho žiak Gaspar Schotti, jezuitský fyzik, zostavil v Norimbergu spis Schola steganographica. Táto jeho kniha, rovnako ako kniha jeho učiteľa, bola z väčšej časti len kompilátom predošlých šifrovacích systémov. Jeho meno je taktiež spojované s Voynichovým rukopisom, ktorý mu poslal v roku 1666 so žiadosťou o dešifrovanie osobný lekár Ferdinanda III., profesor Karlovej Univerzity, Čech Ján Marek Marci (Johannes Marcus Marci, 1595-1677).